Regeringens beslutning om at udskyde CO2-afgiften for fiskeriet møder skarp kritik fra eksperter, der afviser den centrale begrundelse. Ifølge regeringen har afgiften ført til, at danske og udenlandske fiskere i stigende grad lander deres fangster i Sverige, Norge og Skotland frem for i Danmark. Men analyser fra professor Max Nielsen (Københavns Universitet), lektor Troels Hegland (Aalborg Universitet) og cheføkonom Mathilde Mammen (Tænketanken Hav) viser, at der ikke er belæg for denne påstand. Data indikerer ingen systematisk ændring i fiskeriets mønstre, og danske fiskeres landinger i udlandet er endda faldet i januar 2025.

Til trods for dette forsvarer regeringen beslutningen og understreger, at man tager bekymringen om en fremtidig udflytning af fiskeriet alvorligt. Fiskeriforeningen deler denne bekymring og frygter, at CO2-afgiften kan føre til massekonkurser, da store trawlere muligvis vil tanke afgiftsfri diesel i udlandet og lande deres fangst der.

Oppositionen og grønne organisationer beskylder regeringen for at basere sin beslutning på misvisende oplysninger og for at underminere klimaaftalen fra 2022. SF, Radikale Venstre og Enhedslisten kritiserer, at regeringen bryder aftalen med svage argumenter og mener, at afgiften er nødvendig for at fremme mere klimavenlige fiskemetoder.